Keberadaan Fakultas Syari’ah dan Hukum UIN Sunan Kalijaga saat ini tidak bisa dilepaskan dari sejarah asal-muasal Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta yang didirikan pada tanggal 26 September 1951 berdasarkan Peraturan Presiden No. 34 Tahun 1950. Berdirinya PTAIN tersebut diresmikan langsung oleh Menteri Agama ketika itu A. Wahid Hasyim, dan untuk pertama kali membuka jurusan Qada, Tarbiyah dan Dakwah.

Setelah berjalan sembilan tahun, tepatnya Tahun 1960, Pemerintah menggabungkan PTAIN Yogyakarta dan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) Jakarta menjadi satu Institut Agama Islam Negeri (IAIN) al-Jami’ah al-Islamiyah al-Hukumiyah. Penggabungan tersebut disahkan melalui Peraturan Presiden No. 11 Tahun 1960 tanggal 9 Mei 1960 dan dikuatkan oleh Penetapan Menteri Agama No. 43 Tahun 1960 tanggal 28 Agustus 1960. Saat itu, IAIN mempunyai empat Fakultas, yaitu Fakultas Syari`ah dan Ushuluddin di Yogyakarta, dan Fakultas Tarbiyah dan Adab di Jakarta. Berdasarkan  Pasal 4 ayat (3) Penetapan Menteri Agama No. 43 Tahun 1960, Fakultas Syari`ah memiliki tiga jurusan: Jurusan Tafsir/Hadis, Jurusan Fikih dan Jurusan Qada. Beberapa waktu kemudian Jurusan Tafsir/Hadis dipecah menjadi dua Jurusan Tafsir dan Jurusan Hadis.

Seiring pesatnya perkembangan, IAIN al-Jami’ah dipecah menjadi dua IAIN pada tahun 1963, yang berkedudukan masing-masing di Yogyakarta dan Jakarta. Keberadaan Fakultas Syari’ah menjadi salah satu fakultas penentu pendirian IAIN Yogyakarta dengan merujuk Peraturan Presiden No. 27 Tahun 1963, yang mempersyaratkan minimal tiga fakultas dalam pendirian IAIN.

Pada Tahun 1965 IAIN al-Jami’ah Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga dengan tiga fakultas, yakni Syari’ah, Ushuluddin dan Tarbiyah. Berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Bimas Islam No.Kep./D.VI/218/1974 tentang Jurusan-jurusan di lingkungan IAIN, Fakultas Syari`ah terdiri dari jurusan Tafsir Hadis, Peradilan Agama, dan Pidana Perdata Islam. Kemudian pada tahun 1988 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. 122 Tahun 1988 tentang Kurikulum S1 IAIN, Jurusan Tafsir Hadis dipindahkan ke Fakultas Ushuluddin terhitung mulai Tahun Akademik 1989/1990 dan sebagai gantinya Fakultas Syari`ah membuka Jurusan Perbandingan Mazhab (PM).

Pada Tahun Akademik 2000/2001 Fakultas Syari`ah memiliki lima jurusan/prodi. Tiga di antaranya merupakan hasil pengembangan dari jurusan-jurusan yang telah ada sejak tahun 1960, yaitu Ahwal Syakhshiyyah (AS) yang merupakan pengembangan dari Jurusan Qada dan Jurusan Peradilan Agama; Jinayah Siyasah (JS) dan Muamalah (MU) yang masing-masing merupakan pengembangan dari Jurusan Fikih dan Pidana Perdata Islam serta Muamalah Jinayah; Perbandingan Mazhab dan Hukum (PMH) merupakan pengembangan dari Jurusan Perbandingan Mazhab; dan Program Studi Keuangan Islam (KUI) sebagai pengembangan dari Jurusan Muamalah.

Keberadaan Fakultas Syari’ah semakin mengalami penguatan kapasitas dengan beralih statusnya IAIN Sunan Kalijaga menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga. Alih status ini mendapatkan legalitasnya melalui Keputusan Presiden RI Nomor 50 Tahun 2004 tanggal 21 Juni 2004. Pada Tahun Akademik 2009/2010, Fakultas Syari`ah telah berubah nama menjadi Fakultas Syari`ah dan Hukum (FSH). Pada saat itu Fakultas memiliki 6 (enam) Jurusan/Program Studi strata satu, yaitu (1) Jurusan Al-Ahwal asy- Syakhshiyyah (AS), (2) Jurusan Jinayah Siyasah (JS) (3) Jurusan Muamalah (MU), dan (4) Jurusan Perbandingan Mazhab dan Hukum (PMH), (5) Program Studi Keuangan Islam (KUI), dan (6) Program Studi Ilmu Hukum (IH).

Program Studi Ilmu Hukum merupakan program studi pertama dan masih satu- satunya di lingkungan Fakultas Syariah dan Hukum UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta yang izin pendiriannya berasal dari Departemen Agama (sekarang Kementerian Agama) sekaligus Departemen Pendidikan Nasional (sekarang Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi). Legalitas pendirian Prodi Ilmu Hukum adalah 1) Surat  Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta No. DS-12 a. Tahun 2009 tentang Pembukaan Program Studi Ilmu Hukum UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta; 2) Surat keputusan Direktur Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama No.Dj.1/32/09 tanggal 20 Januari 2009 tentang Ijin Pembukaan Program Studi Ilmu Hukum Fakultas Syari`ah UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta; dan 3) Rekomendasi Direktur Direktorat Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional No. 3487 tanggal 30 Desember 2008, tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Hukum di Fakultas Syari`ah UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Mulai tahun 2015, seiring dengan pengembangan dan pembukaan fakultas baru di lingkungan UIN Sunan Kalijaga, Program Studi Keuangan Islam (KUI) dipindah ke Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Demikian halnya dengan Program Magister (S2) Hukum Islam yang awalnya berada di Pascasarjana dipindah ke Fakultas Syari’ah dan Hukum. Oleh karena itu sejak tahun 2015, di samping menyelenggarakan pendidikan strata satu (S1) yang terdiri 5 program studi, Fakultas Syari’ah dan Hukum juga menyelenggarakan pendidikan strata dua (S2) Magister Hukum Islam dengan konsentrasi Hukum Bisnis Syari’ah, Hukum Keluarga dan Hukum Tata Negara. Sejak keluarnya Peraturan Menteri Agama Nomor 33 Tahun 2016 tentang Gelar Akademik Perguruan Tinggi Keagamaan serta disusuli dengan Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 180.3 Tahun 2016 tentang Nama Program Studi dan Gelar Akademik pada Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta, nama-nama program studi berbasis hukum Islam mendapat pengindonesiaan nama. Ahwal Syakhshiyyah (AS) mendapat nama Hukum Keluarga Islam (HKI), Siyasah (S) mendapat nama Hukum Tata Negara (HTN), Muamalah (MU) mendapat nama Hukum Ekonomi Syariah (HES), di samping  Perbandingan Mazhab (PM) dan Ilmu Hukum yang sudah menggunakan nama Indonesia.