Hymne Universitas merupakan lagu bernada sedang (bariton), bertempo lambat, berwibawa dan mengandung makna pujian, berjiwa Pancasila dan berdasarkan ajaran Islam serta mencerminkan cita-cita Universitas.

Lirik:

UIN Sunan Kalijaga Islam azas tujuanmu
Membangun citra keagungan bangsa berdasar Pancasila
Integrasikan interkoneksikan agama dan ilmu semesta
Kembangkan daya patriot nusa Tanah Air minta baktimu

Jayalah negara jayalah bangsa UIN berkarya nyata
Jayalah negara jayalah bangsa berkarya nyata. Amin.